Condor, dimentichi il concetto principale, e cioè che è un gioco!
Però in parte hai ragione, e siccome credo anche che giocare sia una delle poche cose serie rimaste, facciamo finta di applicare i metodi oli-sticazzi alla riscrittura dei punteggi nei pronostici delle tappe dei GG, soprattutto per dimostrare che punteggi correlati alle probabilita (come pari suggerire) risulterebbero esagerati, ma pure per aggiungere confusione a confusione...
Facciamo una premessa ovvia: pronosticare i primi 3 di una gara non equivale, in termini probabilistici, ad estrarre 3 numeri da un sacchetto, come nella tombola o nel lotto. Perché sia così, al Giro, Tour o Vuelta dovrebbero partecipare 198 corridori di valore equivalente, in ogni tipo di percorso.
Pertanto c'è un più o meno ristretto lotto di "favoriti", tappa per tappa, che potremmo circoscrivere ad un numero arbitrario. Facciamo 10, per comodità? (a volte sono di più, ma molte volte meno). Continuando con l'assurdo (ma neanche poi tanto, a ben pensarci), ammettiamo anche che i 10 favoriti abbiano tutti le stesse probabilità di andare sul podio, con posizione indifferente.
Questo dà luogo a 720 combinazioni possibili (10x9x8).
Ne consegue che ho 6 probabilità (le combinazioni di 3 elementi su 3 posti senza ripetizioni) su 720 di imbroccare il podio completo. Quindi
1/120.
Le combinazioni possibili per indovinarne 2 (e solo 2) sono invece 42/720 =
7/120 (42 perché ho 6 combinazioni di due nomi su tre posizioni moltiplicate per le 7 volte in cui si ""sbaglia" il terzo nominativo)
Quelle di indovinarne 1 (e solo 1) sono 126/720 =
21/120 (126 sono le tre posizioni possibili moltiplicate per le 7x6 volte in cui si sbagliano gli altri due).
Corollari olisticazzi: con 10 nominativi a disposizione, beccare i tre sul podio, anche a casaccio, è 7 volte più difficile di beccarne due, e 21 volte quello di beccarne uno. Più contenuta la differenza in termini probabilistici se si considera un numero inferiore di "favoriti", ma anche molto più alta se lo si aumenta.
Quindi... se i punteggi dovessero essere assegnati di conseguenza, tenendo valido il numero arbitrario di 10 favoriti, le differenze dovrebbero essere più ampie. Se diamo i canonici 5 punti a chi imbrocca un nome e 15 (il triplo come da probabilità) a chi ne imbrocca due, il "premio" per il podio dovrebbe essere 105.
(Se non altro abbiamo dimostrato inoppugnabimente che tutte le classifiche andrebbero riscritte, che finora abbiamo premiato troppo chi imbrocca un nome, e magari anche che un po' di statistica a scuola sia stata studiata, in effetti...

)
E veniamo al caso delle posizioni giuste: anche se dal punto di vista probabilistico imbroccare ognuna delle tre posizioni è
assolutamente equivalente, entra in ballo il fattore "gioco", oltre che la forza del ragionamento per cui "si corre per vincere", e quindi indicare il nome del vincente in posizione esatta dà lustro al pronostico.
Dal punto di vista storico/esperienziale però, non è una regola assoluta: può essere addirittura più difficile prendere i piazzati invece del vincitore. Basti pensare all'epoca Merckx, quando il vincitore era sempre lo stesso e i piazzati cambiavano ogni volta...

Il senso di premiare chi ha messo al 2^ o 3^ posto il nome del vincente lo vedo già meno bene: il più delle volte si tratta semplicemente di un pronostico "ciccato", anche se nelle volate a volte è questione di millimetri.
Ma siccome siamo e moriremo democristiani, nell'ottica "the winner takes it all", premiamo leggermente chi perlomeno quel nominativo lo dava tra i favoriti, e morta lì.
In definitiva, il sistema di punteggio a cui si è arrivati mi pare un discreto compromesso: importante imbroccare il vincitore, ma qualche leggera botta di kiulo conserva lo spirito ludico dell'insieme.
Molto peggio la questione cervellotica delle fughe...
L'unica alternativa interessante mi parrebbe quella di pronosticare un lotto di favoriti, senza ordine particolare, e da questi estrarre chi si è effettivamente piazzato (tra i primi 3? 5?), con un punteggio prestabilito per ogni posizione effettiva.